Bereits in seinen Jugendjahren lies er viele Bücher und wurde von seiner Mutter in Museen mitgenommen. In seine späteren literarischen Arbeiten flossen auch immer wieder ägyptische Geschichtsfakten ein. Zudem erlebte er als Kind die ägyptische Revolution von 1919.

Nach seiner schulischen Ausbildung studierte er Philosophie an der Universität King Fouad I und ergriff danach den Beruf eines Autors, zunächst als Journalist für "er-Risala", "el Hilal" und "Al-Ahram". Zudem arbeitete er seit den 30er Jahren für das ägyptische Bildungsministerium.

Erste Veröffentlichungen seiner eigenen Arbeit kamen ab 1932 mit seinem Debüt "Old Egypt" (32) zustande.
In den kommenden Jahren blieben seine Arbeiten eher sporadisch, ehe ab den 40er Jahren regelmässig Bücher von ihm erschienen.
Zu seinen weiteren frühen Werken zählen "Whisper of Madness" (38), "Mockery of the Fates" (39), Rhadopis of Nubia" (43), "TheStruggle of Thebes" (44), "Cairo Modern" (45), "Khan El-Khalili" (45), "Midaq Alley" (47), "The Mirage" (48), "The Beginning and the End" (50), "Palace Walk" (56), "Palace of Desire" (57), "Sugar Street" (57) und "Childre of Gebelawi" (59).

In den 60er und 70er Jahren publizierte er zahlreiche weitere Bücher, darunter "The Thief and the Dogs" (61), "Quail and Autumn" (62), "God's World" (62), "Zaabalawi" (63), "The Search" (64), "The Beggar" (65), "Adrift on the Nile" (66), "Miramar" (67), "The Pub of the Black Cat" (69), "A Story without a Beginning or an Ending" (71), "The HOneymoon" (71), "Mirrors" (72), "Love under the Rain" (74), "The Crime" (73), "al-Karnak" (74), "Stories from Our Neighbourhood" (75), "Respected Sir" (75), "The Harafish" (77), "Love Above the Pyramid Plateau" (79) und "The Devil Preaches" (79).

Naguib Mahfouz äusserte sich auch privat zu politischen Gegebenheiten. Als er die Friedensunterzeichnung von Sadat mit Israel guthiess, wurde er in vielen arabischen Ländern als Autor verboten und wurde auf einer Todesliste der islamischen Fundamentalisten geführt. 1994 wurde er Opfer eines Attentats, als man ihm ein Messer in den Nacken stiess. Glücklicherweise überlebte er den Anschlag, musste aber Zeit seines Lebens mit einer Beeinträchtigung der rechten Hand durch Verletzung einzelner Nerven leben. Er lebte fortan unter Personenschutz.

Trotz eines Publikationsverbots in vielen Ländern liess sich Naguib Mahfouz nicht davon abbringen, weiterhin als Schriftsteller aktiv zu bleiben.
So entstanden in den nächsten Jahren "Love and the Veil" (80), "Arabian Nights and Days" (81), "Wedding Song" (81), One Hour Remains" (82), "The Journey of Ibn Fattouma" (83), "Akhenaten. Dewller in Truth" (85), "The Day the Leader was Killed" (85), "The Hunger" (86), "Seaking the Morning and Evening" (87), "Fountain and Tomb" (88), "Echoes of an Autobiography" (94), "Dreams of the Rehabilitaion Period" (04) und "The Seventh Heaven" (05).

1988 wurde der Name Naguib Mahfouz in die Welt hinausgetragen, als er für sein Lebenswerk den Literaturnobelpreis erhielt. 
Bis zu diesem Zeitpunkt kaum im Westen bekannt, wurden nun seine Bücher auch in jenen Breitengraden vermehrt veröffentlicht.